Это медресе построили в 19 столетии. Внешне оно похоже на другие аналогичные культовые строения тех времен, размещенные в Ферганской долине. Весь фасад здания обнесен цельной стеной, разделенной на секции, которые украшают рисунки в форме стрелочных арок. В самой арке находится входная дверь, через которую можно пройти во внутренний дворик. Там расположены айван и мечеть. За счет широкого арыка на территории этого дворика всегда прохладно и свежо. Здесь, под многолетними раскидистыми чинарами, можно укрыться от палящего солнца. Вокруг двора находятся худжры – небольшие комнатки, чем то напоминающие кельи.
С четырех сторон айван обрамляют колонны, поддерживающие потолок. В мечети можно посетить молельный зал, в архитектуре которого можно заметить элементы, типичные для европейского зодчества, что выглядит несколько странно. Это объясняется тем, что зал семиметровой ширины перекрывают деревянные фермы, с крепящимися на них подвесными потолочными покрытиями. По этой причине тут нет опор или колонн для поддержания перекрытия. Это культовое сооружение одно из немногочисленных, в котором потолки в айване и молельном зале отделаны единообразными орнаментальными рисунками с преобладанием зеленых и красных оттенков. Внутреннее убранство поверхности стен украшают орнаменты с преобладанием геометрических фигур.
Сайд Ахмад-ходжа – одно из тех медресе, в котором находится функционирующий духовный учебный комплекс. Здесь молодые люди Маргилана усердствуют над изучением Корана и Хадисы. При этом мечеть открывает свои двери для всех истинно верующих мусульман.